Ведущим научным структурным подразделением Академии, созданным в 2003 году и осуществляющим научно-исследовательскую и экспертно-аналитическую деятельность, является Институт прикладных экономических исследований (ИПЭИ). В его составе на декабрь 2019 года функционирует 28 научно-исследовательских лабораторий и центров, а также 4 международные научно-исследовательские лаборатории, сотрудники которых ведут исследования фундаментального и прикладного характера в сфере экономических, социальных и гуманитарных наук, оказывают экспертную поддержку органам государственной власти Российской Федерации.
Основной целью научной работы Академии являются проведение глобально конкурентоспособных научных исследований, а также экспертное сопровождение органов государственного управления.
Основными задачами, в рамках данной цели являются:
 |
осуществление фундаментальных и прикладных научно-исследовательских работ по направлениям научных исследований, проводимых Академией; |
 |
изучение, обобщение и развитие передового российского и иностранного опыта по направлениям научных исследований, проводимых Академией; |
 |
изучение и обобщение мирового опыта в области теории и практики экономической реформы; |
 |
осуществление совместных научно-исследовательских и образовательных проектов с российскими, иностранными и международными научными, образовательными и иными организациями, включая создание совместных научно-исследовательских подразделений; |
 |
проведение долгосрочных и наукоемких исследовательских проектов в интересах развития отечественной фундаментальной науки и социально-экономического развития страны; |
 |
использование результатов научных исследований и разработок в образовательном процессе, привлечение к научно-исследовательской работе Академии студентов и слушателей Академии; |
 |
содействие практическому применению и внедрению результатов научных исследований, включая разработку законопроектов и проектов нормативно-правовых актов; |
 |
подготовка рекомендаций и предложений по приоритетным вопросам развития российского общества, социально-экономической политики и экономических реформ, а также проведение исследований, выполнение работ и оказание услуг по заданиям Администрации Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации; |
 |
оказание экспертной поддержки, консультационных, информационно-аналитических и научно-методических услуг федеральным органам государственной власти, органам государственной власти субъектов Российской Федерации, органам местного самоуправления и негосударственным организациям; |
 |
содействие интеграции гуманитарных, социально-экономических наук и социально-экономического образования в международное научно-исследовательское и образовательное пространство, включая международный обмен в рамках научных и образовательных стажировок студентов, слушателей, преподавателей и научных сотрудников; |
 |
подготовка к изданию научных, научно-методологических и информационно-аналитических материалов, научной литературы и публикаций в периодических изданиях; |
 |
организация и проведение внутриакадемических, российских и международных конгрессов, форумов, конференций, семинаров, круглых столов и иных научных мероприятий в России и за рубежом. |
Сотрудниками научных подразделений ИПЭИ в 2019 году было выполнено 92 научно-исследовательских работы в рамках государственного задания Академии на 2019 год по актуальным направлениям, в том числе:
- экономический рост и экономическое развитие;
- макроэкономические прогнозы;
- денежно-кредитная политика;
- бюджетные и налоговые вопросы экономической политики;
- анализ тенденций государственного регулирования экономики и социальной сферы;
- микроэкономический анализ особенностей деятельности российских организаций с учетом сложившихся макроэкономических условий;
- исследование процессов регионального развития и выработка стратегий регионального выравнивания;
- выявление барьеров международной торговли;
- оценка состояния и перспектив развития цифрового общества и совершенствование нормативно-правового регулирования в условиях цифровизации;
- исследование процессов конкуренции и разработка алгоритмов минимизации сговоров на рынках и их монополизации;
- трансформация международного опыта в решении российских проблем устойчивого развития;
- развитие системы российского образования на всех уровнях;
- современные тенденции государственного управления и др.
Для организационно-технического сопровождения научной деятельности Академии в 2018 году было создано Управление координации государственного задания (УКГЗ)