Ведущим структурным подразделением Академии, созданным в 2003 году и осуществляющим научно-исследовательскую деятельность, является Институт прикладных экономических исследований (ИПЭИ). В его составе на 2016 год функционируют 32 научно-исследовательских лабораторий и центра, сотрудники которых ведут исследования фундаментального и прикладного характера в сфере экономических, социальных и гуманитарных наук, оказывают экспертную поддержку органам государственной власти Российской Федерации. Целый ряд исследовательских структур специализируется на разработке современных образовательных технологий, осуществляя одновременно инновационные образовательные проекты. Основной целью научной работы Академии являются проведение глобально конкурентоспособных научных исследований, а также экспертное сопровождение органов государственного управления. Основными задачами, в рамках данной цели являются:
  • осуществление фундаментальных и прикладных научно-исследовательских работ по направлениям научных исследований, проводимых Академией;
  • изучение, обобщение и развитие передового российского и иностранного опыта по направлениям научных исследований, проводимых Академией;
  • изучение и обобщение мирового опыта в области теории и практики экономической реформы;
  • осуществление совместных научно-исследовательских и образовательных проектов с российскими, иностранными и международными научными, образовательными и иными организациями, включая создание совместных научно-исследовательских подразделений;
  • проведение долгосрочных и наукоемких исследовательских проектов в интересах развития отечественной фундаментальной науки и социально-экономического развития страны;
  • использование результатов научных исследований и разработок в образовательном процессе, привлечение к научно-исследовательской работе Академии студентов и слушателей Академии;
  • содействие практическому применению и внедрению результатов научных исследований, включая разработку законопроектов и проектов нормативно-правовых актов;
  • подготовка рекомендаций и предложений по приоритетным вопросам развития российского общества, социально-экономической политики и экономических реформ, а также проведение исследований, выполнение работ и оказание услуг по заданиям Администрации Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации;
  • оказание экспертной поддержки, консультационных, информационно-аналитических и научно-методических услуг федеральным органам государственной власти, органам государственной власти субъектов Российской Федерации, органам местного самоуправления и негосударственным организациям;
  • содействие интеграции гуманитарных, социально-экономических наук и социально-экономического образования в международное научно-исследовательское и образовательное пространство, включая международный обмен в рамках научных и образовательных стажировок студентов, слушателей, преподавателей и научных сотрудников;
  • подготовка к изданию научных, научно-методологических и информационно-аналитических материалов, научной литературы и публикаций в периодических изданиях;
  • организация и проведение внутриакадемических, российских и международных конгрессов, форумов, конференций, семинаров, круглых столов и иных научных мероприятий в России и за рубежом.

Для организационно-технического сопровождения деятельности Института и Академии в структуре ИПЭИ в 2013 году был создан Научно-координационный центр (НКЦ).Основные задачи НКЦ:
  • организационное обеспечение (сопровождение), координация и контроль текущей научно-исследовательской и финансово-хозяйственной деятельности центров и лабораторий, входящих в состав ИПЭИ;
  • организация, планирование, координация и контроль реализации научно-исследовательских работ, выполняемых структурными подразделениями Академии в рамках исполнения Государственного задания Академии (часть 2 «Наука»);
  • сопровождение и организационное обеспечение других видов научно-исследовательской, экспертно-консультационной, информационно-аналитической и иной деятельности в соответствии с Положением об Институте прикладных экономических исследований и иными Положениями (Регламентами) Академии.

К основным функциям НКЦ, в рамках деятельности как ИПЭИ так и Академии, относятся:
  • организация, обеспечение и осуществление процесса планирования НИР Государственного задания Академии;
  • текущее организационное, кадровое, планово-финансовое (совместно с профильными подразделениями Академии) сопровождение и мониторинг реализации в соответствии с установленными требованиями к НИР Государственного задания Академии;
  • организационное обеспечение деятельности комиссии Ученого совета Академии по планированию, контролю выполнения и приемке результатов НИР Государственного задания Академии;
  • организационное обеспечение приемки НИР Государственного задания Академии и НИР, выполняемых за счет собственных средств Академии (проведение промежуточных и итоговых защит НИР Академии);
  • мониторинг предоставления и оформления, формирование, сбор, анализ и систематизация отчетности, требуемой при выполнении Государственного задания Академии в соответствии с Положениями (Регламентами) Академии;
  • мониторинг, сбор, анализ и систематизация данных о подготовке публикаций и научных докладов (препринтов) по выполняемым НИР Государственного задания Академии;
  • мониторинг, сбор, анализ и систематизация данных о проведении научных (научно-прикладных) конференций, семинаров и иных публичных мероприятий по выполняемым НИР Государственного задания Академии;
  • мониторинг и контроль в соответствии с регламентом Академии рецензирования НИР Государственного задания Академии;
  • мониторинг и контроль в соответствии с регламентом Академии тестирования в системе «Антиплагиат-ВУЗ» НИР Государственного задания Академии;
  • мониторинг, сбор, анализ и систематизация данных по подготовке и представлению аналитических материалов в интересах органов государственной власти РФ, выполненных в рамках Государственного задания Академии;
  • подготовка и представление информации о выполненных НИР государственного задания Академии для государственной регистрации в информационной системе ЕГИСУ НИОКР
  • подготовка к представлению в Аппарат Правительства Российской Федерации по форме, установленной в соответствии с требованиями к отчетности об исполнении Государственного задания Академии (часть 2 «Наука»), отчета о выполнении Академией планируемых результатов и целевых показателей, установленных в Государственном задании, и отчета о выполнении научных исследований (НИР) с государственной регистрацией по каждой теме;
  • подготовка сводных отчетно-информационных и аналитических материалов для ежегодных отчетов Академии в части научно-исследовательской деятельности в рамках деятельности НКЦ и исполнения научными структурными подразделениями Академии Государственного задания Академии;
  • подготовка (в том числе совместно с другими профильными подразделениями Академии) проектов нормативных документов, регламентирующих осуществление НИР Государственного задания Академии и иных внутренних документов Академии, регулирующих научно-исследовательскую деятельность;
  • организация и обеспечение деятельности комиссии по проведению конкурса выпускных квалификационных работ студентов Академии и внутренних конкурсов для сотрудников и филиалов Академии по выполнению НИР;
  • оказание консультационной и информационной поддержки структурным подразделениям и филиалам Академии по вопросам, связанным с организацией, реализацией и планированием НИР Государственного задания Академии в соответствии с Регламентом организации планирования, приемки, оформления и внедрения результатов НИР Государственного задания Академии.

К основным функциям НКЦ, в рамках деятельности подразделений ИПЭИ, относятся:
  • организационное обеспечение научных обменов, командировок и стажировок сотрудников ИПЭИ в Российской Федерации и за рубежом в соответствии с Положениями (Регламентами) Академии;
  • подготовка проведения аттестации научных сотрудников ИПЭИ в соответствии с Положениями (Регламентами) Академии;
  • подготовка проведения мероприятий, необходимых для определения ежегодных научных рейтингов научных сотрудников ИПЭИ;
  • подготовка и проведение мероприятий, необходимых для проведения конкурсов на замещение должностей научных сотрудников ИПЭИ;
  • материально-техническое сопровождение деятельности научных и иных подразделений ИПЭИ;
  • оказание консультационной и информационной поддержки структурным подразделениям и филиалам Академии по вопросам, связанным с организацией, реализацией и планированием НИР государственного задания Академии в соответствии с Регламентом организации планирования, приемки, оформления и внедрения результатов НИР Государственного задания Академии;
  • подготовка ежегодной отчетности о деятельности ИПЭИ для утверждения на Ученом совете Академии.